課程名稱 |
結構生物學與生物資訊特論 STRUCTURAL BIOLOGY & BIONINFORMATICS |
開課學期 |
98-1 |
授課對象 |
生物資源暨農學院 生物科技研究所 |
授課教師 |
楊啟伸 |
課號 |
Biot8003 |
課程識別碼 |
642ED0040 |
班次 |
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學分 |
3 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
必修 |
上課時間 |
星期五5,6,7(12:20~15:10) |
上課地點 |
生技館212 |
備註 |
本課程以英語授課。與蔡孟勳合開 限博士班 總人數上限:20人 外系人數限制:15人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/981sbbioinfo |
課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
本課程之教學目標,在於使學生對現代結構生物學之內容、重要性和其未來發展,有一較為全面而完整的認識。鑑於在最近的生命科學發展中,約略是以生命生理、結構生物、生命作用動態分析、生物資訊以及生命科技應用為五大發展方向。而就此目前之發展趨勢來說來分析,其中以結構生物和任何其它四個發展方向結合,已成為追求更深入之生命知識和科技研究的主要潮流之一。
本校目前有開結構生物學概論,是一類似但目標不相同的課程,另有蛋白質結構與弁� (P05 U3230)。而與本課程部分內容將會和生物物理學 (B02 30100), 蛋白質體學 (P05 U9120) 以及生物資訊學 (P05 U9140)有關連。本課程在教學內容設計上,是以結構生物領域之整體觀念為主要,並深入探討每一個主題的最近發展,以理論、研究方法以及實際成巨狺l的三合一角度來引導學生對結構生物的深入認識。學生修畢之後,對於最新的結構生物學的認識,將有十分正面之效果。 |
課程目標 |
本課程之目的,在於藉由結合理論、研究方法(包括重要結構生物電腦軟體之學習和使用)和在每一個主題中的多個經典之成幼蚳狳虒挭懇硎c生物學,使研究所學生,可以有系統地熟悉結構生物學之實質研究內容和方法,並對結構生物學之優點和貢獻有完整而清晰之認識。 |
課程要求 |
先修課程:生物化學 |
預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
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參考書目 |
1. David Whitford (2005). Proteins : Structure and Function. John Wiley & Sons, Hoboken, NJ. USA.
2. Gregory A. Petsko and Dagmar Ringe (2003). Protein Structure and Function, 4th ed., New Science Press, Waltham, MA.
3. 教學內容也以科學期刊而隨時更新。 |
評量方式 (僅供參考) |
No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
1. |
一次期末考 |
30% |
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2. |
一份軟體使用報告書 |
20% |
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3. |
一次配合教學,自選主題分組報告 |
20% |
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4. |
一次期中考 |
30% |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
Week 1 |
2009/09/18 |
Introduction to structural biology |
Week 2 |
2009/09/25 |
A look at the amino acids in structural biological ways. |
Week 3 |
2009/10/02 |
The basic blocks of protein structures: Alpha-helix, Beta-sheet, Beta-turns, Beta-bulge, Loops.
Available software for PDB file display. |
Week 4 |
2009/10/09 |
1. Protein functions within cells.
2. Five basic protein structural domains.
3. Protein physiological functions. |
Week 5 |
10/16/2009 |
1. Protein functional domains
2. Methods for structural resolving |
Week 6 |
10/23/2009 |
Methods for structural resolving: X-ray diffraction |
Week 7 |
10/30/2009 |
Meeting break |
Week 8 |
11/6/2009 |
1. Methods for structural resolving: CryoEM and Other methods.
2. Software usage demonstration |
Week 9 |
11/13/2009 |
Midterm Exam |
Week 10 |
11/20/2009 |
1. Structural Biology and Life Science
2. Student presentation |
Week 11 |
11/27/2009 |
Introduction of Bioinformatics |
Week 12 |
12/4/2009 |
Introduction of Microarray |
Week 13 |
12/11/2009 |
Gene expression microarray analysis |
Week 14 |
12/18/2009 |
NTUMAPs demo |
Week 15 |
12/25/2009 |
SNP analysis |
Week 17 |
1/8/2010 |
Next generation sequencing |
Week 18 |
1/15/2010 |
Final examination |
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